Az első világháború lezárultával a megpróbáltatások sorának nem szakadt vége a függetlenedő Magyarországon, sőt, az új kormányzat pacifista elképzeléseivel szemben a háború egyáltalán nem ért még véget a kimerült és lerongyolódott ország számára: a szomszédos államok csapatai nekifogtak a megszállásnak.
A katolikus egyházra is súlyos csapásokat mértek a megszállók. Míg a keletről támadó románok, valamint a Dél-Magyarországra bevonuló szerbek egyházellenes atrocitásai visszavezethetőek voltak a katolikus–ortodox ellentétre, a Felvidéket elfoglaló csehek ellenséges magatartása egészen más tényezőkkel magyarázható.
A cseh megszállók nemcsak a szempontjukból megbízhatatlan papok elűzését tűzték ki célul, hanem a hívek és a papság szembefordítását és a katolikus egyház tekintélyének aláásását is. A csehek körében Husz János óta érezhető volt bizonyos elutasítás a katolicizmussal szemben, mely a Habsburg-uralom alatt csak tovább erősödött. Emiatt a 19. század végi cseh vezetőkre nagy hatással volt a nyugat-európai egyházellenes és szabadgondolkodó irány, amelynek szellemében az első Cseh–Szlovák Köztársaságot is alapították.
A megszállók azt hitték, vallásellenes izgatással meg tudják szüntetni a mélyen vallásos szlovák nép ragaszkodását egyházához. Miután e céljukat nem érték el, a nemzetiségi ellentétet használták ki, hogy a lakosságot szembefordítsák a túlnyomórészt magyar papsággal. Ahonnan a csehek által feltüzelt falusi nép nem űzte el plébánosát, ott egyszerűen börtönbe vetették, kiutasították vagy kényszernyugdíjazták a papokat, hogy helyükre megbízhatónak ítélt ember kerüljön. A papok meghurcolása többször véres zavargásokba torkollott, mert a falvak lakossága kapával-kaszával kelt lelkipásztora védelmére. Több helyen a templomokat is megrongálták, meggyalázták a bevonulók. A csehek úgy vélekedtek, hogy a magyar királyok főkegyúri joga átháramlott rájuk, és ennek értelmében cselekedtek. Az egyház ingó és ingatlan javait zár alá vették, a többi egyházi és alapítványi vagyont állami felügyelet alá helyezték.
A hatalom új birtokosai egyik elsőrendű feladatuknak a magyar nemzetiségű egyházfők eltávolítását tekintették. Andrej Hlinka rózsahegyi plébános, a katolikus szlovákság szellemi vezére már 1918 őszén arra kérte a Felvidék papjait, hogy csatlakozzanak az új államalakulathoz, de legalább fogadják jóakaratú passzivitással. A csehek bevonulása után Hlinka püspöki engedély nélkül, de a hatóságok tudtával gyűlésre hívta a szlovák papságot, ahol a megszállók által is jóváhagyott autonómiajavaslatot dolgozott ki. Így tört a cseh kormány a szlovák papsággal együtt a többnyire magyar nemzetiségű felvidéki püspökök tekintélye ellen, és Fischer-Colbrie Ágost kassai püspök kivételével valamennyiük lemondását kívánta.
A mesterségesen szított ellentét, a lejáratás és az üldöztetés elérte célját. Báthy László, az esztergomi érsekség nagyszombati helynöke hiába volt Csernoch János hercegprímás szerint „a szlovák papság hazafias magatartásának egyik legjelentősebb oszlopa”, a cseh hatóságok már 1918 novemberében letartóztatták. Báthy a hercegprímás közbenjárására ugyan kiszabadult, de kiutasították Cseh–Szlovákiából.
Batthyány Vilmos nyitrai püspökkel, mielőtt elmozdították volna hivatalából, igen erőszakosan bántak. A püspök amúgy sem volt népszerű egyházmegyéjében, mert szlovákul nem tudott, de nagyszámú magyar hívével sem találta meg a közös hangot. Papsága gyűlésezése és határozatai ellen erélyesen tiltakozott. A Nyitrára bevonuló csehek feldúlták és kifosztották a püspöki palotát, Batthyányt pedig több napig őrizetben tartották. A megszállókkal szélmalomharcot vívó főpásztort több hónapnyi küzdelem után 1919. március 27-én Pozsonyba szállították, ahol egyszerűen áttették a magyar határon. Batthyány nehezen fogadta el helyzetét. 1919 áprilisában a bécsi nunciatúrán kért tanácsot, mitévő legyen: tartson ki nyitrai püspöksége mellett, igyekezzen Rómába egyházi informátornak, vagy bízzon abban, hogy esélyes az üresedésben lévő váci püspöki székre. A nunciatúrán azonban azt tanácsolták neki, bízza ügyét a pápára. Az egyik ügyvivő segítségével készítette el levelét XV. Benedek pápának, melyet a Szentszék úgy értelmezett, hogy Batthyány lemondott püspökségéről. E levél sok kellemetlenséget okozott mind Batthyánynak, mind a magyar kormánynak.
Radnai Farkas besztercebányai püspök kiutasításának hátterében egy szlovák papja, Medveczky Károly bosszúja állt. Medveczky nem tudta megbocsátani püspökének, hogy őt túlzó szlovák nacionalizmusa miatt többször áthelyezte, ezért miután a szlovák élharcosok közé állt és a pozsonyi minisztérium egyházügyi referense lett, önkényesen bíráskodva a magyar papsággal éreztette meg és szenvedtette el többszörös mértékben mindazt, ami korábban vele esett meg. Főpásztora ellen azt a vádat hozta fel, hogy nem tud szlovákul, holott tudott.
Párvy Sándor szepesi püspök a megszálláskor betegsége miatt már régóta Budapesten tartózkodott, 1919 márciusában hunyt el. Novák István eperjesi görög katolikus püspök 1918 novemberében a megszállás elleni tiltakozás jeléül önként hagyta el egyházmegyéjét. Balás Lajos rozsnyói püspök a helyén maradhatott, de komoly meghurcoltatásban volt része, mivel a cseh hatóságok a kommunistákkal való összejátszással vádolták. A zaklatások megviselték szervezetét, súlyos betegen hunyt el 1920-ban.
A Szentszék azt ígérte, a párizsi béke törvényerőre emelkedéséig nem nevez ki új püspököket a megüresedett székekre, ám komoly nyomásnak volt kitéve az utódállam részéről. XV. Benedek pápa 1920. december 16-án Karol Kmetkót nyitrai, Jan Vojtaššákot besztercebányai, Marián Blahát pedig szepesi püspökké nevezte ki. Bár a Szentszék figyelembe vette Csernoch János tanácsát az új püspökök személyeiről, kinevezésüket anélkül tette, hogy Batthyány Vilmos és Radnai Farkas formális lemondása megtörtént volna. A magyar kormány nevében Somssich József követ tiltakozott a Szentszéknél, és azt a választ kapta, hogy Batthyány és Radnai a Szentatya döntésére bízták sorsukat. Az így felmentett püspököket utódaik kinevezésével egy időben címzetes érsekké léptette elő a pápa, a cseh kormány pedig vállalta anyagi igényeik teljesítését, amit természetesen nem tartott be.
Batthyány Vilmos Körmenden telepedett le, itt érte a halál 1923-ban, mindössze 53 évesen. Csernoch János úgy emlékezett meg róla, hogy „a haza és egyházmegyéje szomorú sorsán érzett mélységes bánatnak lett áldozata.” Radnai Farkas a sümegi püspöki nyaralóban töltötte élete hátralévő részét, idős kora ellenére aktív résztvevője volt a püspökkari konferenciáknak. 1935-ben hunyt el.