A fejedelmi széken mindössze hét hónapot töltött főpap politikai ballépések sorozatának lett áldozata a Csíkszentdomokos melletti Pásztorbükkön, ahol 1599. október 31-én a Mihály vajda által fellázított falubeliek Ördög Balázs vezetésével meggyilkolták. Báthory András szerepe ma is vitatott, alakja azonban szentként vonult be a székely nép mondáiba.