A fejedelmi széken mindössze hét hónapot töltött főpap politikai ballépések sorozatának lett áldozata a Csíkszentdomokos melletti Pásztorbükkön, ahol 1599. október 31-én a Mihály vajda által fellázított falubeliek Ördög Balázs vezetésével meggyilkolták. Báthory András szerepe ma is vitatott, alakja azonban szentként vonult be a székely nép mondáiba.
Báthory Andrásnak egészen fiatal kora óta kulcsszerepet szántak – a nemcsak magyar, hanem a nemzetközi politikában is egyre inkább teret nyerő – családtagjai. A csecsemőkorában árvaságra jutott András és testvére, Boldizsár először apai nagybátyjuk, Kristóf erdélyi vajda udvarában nevelkedtek, majd másik nagybátyjuk, Báthory István lengyel király vette maga mellé őket. Báthory István csak azzal a feltétellel nyerte el a lengyel királyi trónt, ha Jagelló Annát feleségül veszi, ám az idősödő (házasságkötésükkor 53 éves) királynétól nem számíthatott trónörökösre. Unokaöccsei jöhettek számításba, s a király választása Andrásra esett, akit a pultuski jezsuita kollégiumban taníttatott.
Báthory István lengyel király és felesége, Jagelló Anna
András hiába volt tehetséges és érdeklődő fiatal, nagybátyja által előre elrendelt papi hivatása nehezen akart kibontakozni. Látva bátyja, Boldizsár harci sikereit, inkább katonai pályára vágyott, de engedelmesen meghajolt Báthory István akarata előtt – döntésében természetesen ösztönözték a rangok és címek, melyeket, mint előkelő család sarja, igen fiatalon elnyerhetett az egyház kötelékében. Még húsz éves sem volt, amikor a kisebb rendeket felvette és kanonoki címet kapott. Nem sokkal később utódlási joggal felruházott segédpüspökké nevezték ki Warmiába, a király kegyeltje, Marcin Kromer mellé, Báthory István pedig még a bíborosi kalapot is kijárta kedvenc unokaöccsének. A fiatal bíboros, bár elég elhivatottságot még most sem érzett az egyházi pálya iránt, feladatát igyekezett komolyan venni, teológiai tanulmányokat folytatott, és távol tartotta magát az egyházi személyhez nem méltó kicsapongásoktól. Rómában kétszer járt, mindkét alkalommal nagybátyja hadjárataihoz próbálta elnyerni a pápa segítségét, második útján érte a király halálhíre.
Mint Báthory István fogadott örököse, András is versenybe szállt a lengyel királyi trónért, ám a nemesek inkább Vasa Zsigmond mellett döntöttek. András számára meghiúsult a krakkói érsekség elnyerésének lehetősége is, ám Marcin Kromer 1589-ben bekövetkezett halála miatt követhette őt a warmiai püspöki széken. Annak ellenére, hogy a Báthory András előtt működő püspökök, Stanislaus Hosius és Kromer hatása még mindig erősen befolyásolta az egyházmegye életét, a fiatal főpásztor bátran nézett szembe feladataival, amelyeket példaértékűen teljesített.
Gyakran látogatott haza Erdélybe, ahol unokatestvére, Báthory Zsigmond ült a fejedelmi trónon, ám növekvő aggodalommal figyelte a fiatal uralkodó kiszámíthatatlan és erőszakos politikáját, mely a rokonokkal sem tett kivételt. Zsigmond 1594-ben börtönbe vetette Boldizsárt, majd meggyilkoltatta. András nem ártotta bele magát az egyre kaotikusabbá váló belpolitikai küzdelmekbe, ám Zsigmond 1599-es lemondása után őt választotta fejedelemmé a medgyesi országgyűlés. Vonakodva fogadta el a felkérést, hiszen az ő hazája már Lengyelország volt, nehezen ismerte ki magát az erdélyi ügyekben. Hiába próbált a Habsburg és a török birodalom között egyensúlyozni, hiába érte el, hogy Mihály havasalföldi vajda hűséget fogadjon, a Zsigmond által jobbágysorba süllyesztett székelység problémáit nem tudta megoldani.
A belpolitikai ellentéteket használta ki a Habsburg Rudolf császár által feltüzelt Mihály vajda, hogy szavát megszegve Erdélyre támadjon, és október 28-án Schellenbergnél megvívja azt az ütközetet, amelyet az oldalára állt székelyek döntöttek el. A vesztes Báthory Lengyelországba indult, ám Csíkszentdomokosnál nem jutott tovább. Zsigmond székelyellenes politikája miatt zsigeri gyűlölet élt a Báthory család tagjai iránt a székelységben, így a bíborosnak esélye sem volt a menekülésre. A fellázadt falubeliek Pásztorbükkön érték utol, ahol Ördög Balázs (és Nagy Kristály András) mért halálos csapást Báthory András fejére. A bíboros levágott fejét Mihály vajdának küldték, aki később elhozatta Báthory testét is, hogy díszes temetést rendeztessen – látványosan demonstrálva „kegyességét”, amely később szenvedéssel teli időszakot hozott Erdély számára.
Csíkszentdomokos lakóit, mint a bíboros-fejedelem halálában közreműködőket, egyházi átokkal és száz évre szóló, pénteken és szombaton tartandó böjttel sújtotta a pápa. A falubeliek még százötven év elteltével is tartották a böjtöt, bár a fiatalabb generációk már nem igazán tudták, miért. Pásztorbükk vezeklő búcsújáró hellyé vált, Báthory András pedig számos monda hősévé lett. A mondák bőven merítettek az Erdélyben virágzó Szent László-hagyományból és a Bibliából, a környék lakói több helyen a fejedelem lovának megkövesedett lábnyomát vélték felfedezni. A legenda szerint a gyilkosság helyszínén vérforrás fakadt, Csíkszentdomokost pedig hét évig aszály és éhínség sújtotta. Báthory András emlékét ma kis kápolna őrzi Pásztorbükkön, melyet 2012-ben építettek újjá, a vezeklő hagyománya pedig még ma is él.