Protestáns országban született, és katolikusban halt meg – jegyezték meg sokan Pázmány Péter halála után. A jezsuita hittudósból lett esztergomi érsekről méltán állíthatjuk, hogy a 17. századi Magyarország legnagyobb hatású szellemi vezetője volt. Végakarata szerint a pozsonyi Szent Márton székesegyház kriptájában helyezték örök nyugalomra, de sírját csak három évvel ezelőtt találta meg az erre alakult nemzetközi kutatócsoport. A szükséges vizsgálatok lezárása után, 2013. március 18-án került sor Pázmány és utóda, Lippay György esztergomi érsek földi maradványainak újraszentelésére Pozsonyban.
Pázmány Péter csak kamaszként ismerkedett meg a katolikus tanítással, mikor édesapja, Pázmány Miklós bihari alispán 1582-ben, felesége halála után elvette a katolikus Toldy Borbálát. Péter nevelőanyja hatására katolizált, majd jezsuita diák lett Kolozsváron. A fiatalember már szerzetesnövendékként követte a Báthory István – Erdély fejedelme, Lengyelország királya – halála után kiutasított jezsuitákat Lengyelországba, tanulmányait Krakkóban, Bécsben és Rómában végezte. Már fiatal pap korában nagy sikereket ért el mind a grazi egyetem tanáraként, mind hitszónokként; hatására több főnemesi család, köztük a Thurzók és az Esterházyak tértek vissza katolikus vallásukhoz.
A tehetséges Pázmányt Forgách Ferenc esztergomi érsek vette udvarába, akit számos vállalkozásában, például az 1611-es, a papság erkölcsi és szellemi megújításáért megrendezett nagyszombati zsinat összehívásában segítette. Forgách halála után Pázmány volt az a jelölt, akit mind a bécsi udvar, mind pedig a magyar rendek szívesen láttak volna az esztergomi érseki széken, ám a jezsuita rend szabályzata akkoriban határozottan tiltotta, hogy tagjai közül bárki is főpapi méltóságot viselhessen. Melchior Khlesl bécsi érsek ezt a helyzetet azzal kívánta megoldani, hogy javasolta Pázmánynak az átlépést a jezsuitákhoz hasonló, ám a főpapi méltóságot megengedő szomaszkai rendbe. Egy pápai bizottsági döntés tett pontot az ügy végére, amellyel hozzájárultak Pázmány érseki kinevezéséhez. Bíborosi kalapját 1629-ben kapta VIII. Orbán pápától.
Pázmány érseki tevékenysége fő célkitűzésének a papság megreformálását tekintette. Véleménye szerint a protestantizmus terjedésének fő oka a papság felkészületlenségének oka volt, ezért különösen nagy hangsúlyt fektetett az oktatásra. 1619-ben Nagyszombatban, 1623-ban Bécsben alapított papnevelő intézetet, de legnagyobb tette a magyar oktatásért 1635-ös egyetemalapítása volt. Első egyetemistáinak „diplomázását” már nem érhette meg, 1637. március 19-én hunyt el Pozsonyban. Ahogyan kívánta, a Szent Márton székesegyházban temették, dísztelen koporsóban, főpapi jelvények nélkül, egyszerű, szerzetesi ruhában.
Pázmány temetéséről több városi legenda is napvilágot látott, például az, hogy a bíborost élve helyezték sírjába, mert a koporsó felnyitásakor összekarmolva találták annak fedelét. A Pázmánynak tulajdonított sírkamrát 1859-ben tárták fel először, ám akkor azt sem tudták bizonyosan, ki fekszik benne. Sírjának feltárására 2005-ben magyar–szlovák kutatócsoport alakult. A keresést komoly levéltári és könyvtári kutatások előzték meg, ezeket Käfer István, Kránitz Mihály és Hargittay Emil, a budapesti Pázmány Péter Katolikus Egyetem tanárai végezték el. A kutatócsoport 2009 decemberében jelentette be, hogy megtalálták a sírt, majd a földi maradványokat alapos régészeti és antropológiai vizsgálatoknak vetették alá. A vizsgálatok során bizonyosodott be, hogy a feltárt sírkamrák valóban Pázmány Péter és utóda, Lippay György földi maradványait rejtik. A maradványokat új fakoporsókban helyezték el, ezeket 2013. március 18-án, a Szent Márton székesegyházban zajlott egyházi szertartás keretében Stanislav Zvolensky, a pozsonyi főegyházmegye érseke szentelte újra. A pozsonyi érsekség azt ígérte, hogy koporsókat már a közeljövőben visszahelyezik a feltárt kriptába, amely műszaki okokból és a feltárási munkálatok további folytatása miatt a nyilvánosság számára még nem lesz látogatható.